Según sus Estatutos, CEPES Andalucía se compone por Asamblea General, Junta Rectora, Comisión Ejecutiva y Comisión de Control.
En la actualidad, la Comisión Ejecutiva de CEPES Andalucía está compuesta por:
Presidente
D. Antonio Romero Moreno. FAECTA
Vicepresidentes
D. Francisco Moreno Navajas. UPA Andalucía
D. Gustavo Ródenas Díaz. FAECA
D. José María Algora Jiménez. FEANSAL
D. Miguel López Sierra. COAG-A
Secretario
D. Miguel Vega Sánchez. ACES
Tesorero
D. David Jiménez Cabeza. EMCOFEANTRAN
Vocales
D. Diego Velasco Ruiz. CEMPE
Dña. Maria Jesús Reina Fernández. FEMPES
D. Gregorio Ojuelos Gómez. FEDECCON
D. Luis Miguel Jurado Mancilla. FAECTA